牟尼沟风景区主要由扎嘎瀑布和二道海两部分组成，以下是一些主要景点：
扎嘎瀑布
- 扎嘎瀑布：号称 “中华第一钙华瀑布”，瀑高 93.2 米，宽 35 米，是中国最高的钙化瀑布。湖水从巨大的钙化梯坎上以每秒 23 米的速度跌落，气势磅礴，涛声十里。景点 牟尼沟扎嘎瀑布
- 壶穴湖群：扎嘎峡谷内有层层抬升的壶穴湖，即环形瀑，丛生箭竹红柳，与瀑布相互映衬，景色独特。景点 牟尼沟壶穴湖群
- 牟尼后寺：坐落在风景秀丽的扎嘎沟内，寺院依山傍水，背面是茂密的原始森林，正面是隆岗沟，左面是气势宏伟的扎嘎瀑布。寺内藏有大量珍贵藏传佛教文物。景点 牟尼沟牟尼后寺
二道海
- 二道海：景区内最大的湖泊，占地 1.33 万平方米，位于景区的心脏部位，湖水平静安详，暗流在海底律动。景点 牟尼沟二道海
- 天鹅湖：进入二道海景区的第一个湖泊，面积约 1.33 万平方米，水色深蓝，因常有野鸭、天鹅凫游其中而得名。
- 百花海：距天鹅湖 80 米，湖水面积 1.68 万平方米，是沟内最大的一个湖泊，湖水静碧，倒映山峰绿树，因夏秋水面浮生大量水草小花得名。
- 犀牛海：由 36 个环环相套的湖中湖组成的巨大湖群，长 85 米，宽 80 米，水色湛蓝。湖底呈撮箕形，水深 18.5 米。景点 牟尼沟犀牛海
- 珍珠湖：又名 “煮珠海”，面积 40 余平方米，位于二道海景区的最深处，因湖底泉眼喷水如明珠串串，湖面水沸珠翻而得名。水温较高，即使在严冬时节，水温也在 20℃左右。景点 牟尼沟珍珠湖