裸子植物和被子植物主要有以下区别：
种子形态与结构
裸子植物 ：种子裸露，无果皮包被，种皮直接暴露在外，例如松树的种子，成熟后直接裸露在松球的鳞片之间 。 植物 裸子植物松树的种子
被子植物 ：种子被果皮包裹，形成果实，果皮可以保护种子，同时有助于种子的传播，像苹果、桃子等水果，种子都在果实内部 。
花的结构
裸子植物 ：花部结构简单，通常没有花瓣和花萼，多为单性花，形成球果状的孢子叶球，如银杏的雄球花和雌球花 。
被子植物 ：花部结构复杂，具有花瓣、花萼、雄蕊和雌蕊等结构，多数为两性花，花朵形态多样、色彩丰富，如玫瑰、牡丹等 。
叶片形态
裸子植物 ：叶子多为针叶、鳞状叶或条形叶，形态较为单一，如松针、侧柏的鳞叶等 。
被子植物 ：叶片形态丰富多样，有卵形、心形、椭圆形、掌状叶、羽状复叶等，如杨树的卵形叶、枫树的掌状叶 。
茎的结构
裸子植物 ：茎中次生木质部组成成分比较简单，有管胞，无导管，无典型的木纤维，有木射线，木薄壁组织或有或无，形成层细胞比较长，平均长度约为 3.6 毫米，形成层不表现出叠生层次 。
被子植物 ：茎中的维管束较为复杂，有导管、木纤维等，次生木质部的结构多样，形成层活动较为复杂，表现出多种生长方式，许多双子叶植物的茎能不断加粗，形成明显的年轮。
根系类型
裸子植物 ：多数为直根系，主根发达，入土较深，能很好地固定植株，适应干旱等环境 。
被子植物 ：既有直根系，也有须根系，双子叶植物多为直根系，单子叶植物多为须根系，根系分布范围广，能更好地吸收水分和养分 。
繁殖方式与受精过程
裸子植物 ：主要依靠风力传播花粉，受精过程中，花粉管用于吸收珠心的养料或输送精子，有些种类的精子具鞭毛，传粉和受精的间隔时间长，无双受精作用，胚乳在受精前就已形成，是单倍体 。
被子植物 ：繁殖方式多样，有虫媒传粉、风媒传粉、水媒传粉等，受精过程为双受精，即一个精子与卵细胞结合形成受精卵，另一个精子与两个极核结合形成受精极核，胚乳是由受精极核发育而来，为三倍体。
物种多样性与分布范围
裸子植物 ：种类相对较少，现存的裸子植物分属 5 纲 9 目 12 科 71 属近 800 种，主要分布在温带、寒带以及高山地区 。
被子植物 ：是地球上种类最多、分布最广的植物类群，现存的约有 20 万余种，从热带雨林到寒带、从高山到平原、从沙漠到水域等各种环境中都有分布 。
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