南京总统府的景点丰富，涵盖了中区、西区、东区等多个区域，以下是一些主要景点：
中区
总统府门楼：总统府的标志性建筑，原址为清朝两江总督署辕门，1929 年重建。大门南立面设有八根爱奥尼亚柱，附有巴洛克风格的线条装饰，南侧的黑色拱形连顶铁门被设计成三个樘位，整体呈现出古罗马建筑风格1。景点 南京总统府门楼
大堂：中式建筑，抱厦五间面阔七间，硬山顶单层双檐，与二堂及穿堂相连，呈 “工” 型殿。这里原为太平天国金龙殿，又称荣光大殿，1912 年 1 月 1 日孙中山就任中华民国临时大总统的就职典礼，就在大堂后的西暖阁举行，大堂正中横梁上挂有孙中山手书 “天下为公” 匾额。
二堂：又称中堂，清代晚期建筑，原为太平天国的内宫建筑。民国年间，为举行礼仪活动的场所，如外国使节向中国政府首脑递交国书等。内部保持了中式风格，北墙门外却是西式门廊。
八字厅：1917 年由冯国璋所建，曾用作会客室，门前台阶呈八字形展开。
政务局楼：仿欧式两层建筑，外廊七间，红瓦歇山顶。建于 1920 年代中期，曾为江苏督军孙传芳的督军公署办公楼，1930 年代为国民政府文官处办公楼，1946 年以后曾是国民政府文书局及总统府政务局办公楼。
子超楼：位于总统府中轴线北端，是在国民政府主席林森任上所建，由虞炳烈设计，南京鲁创营造厂承建。子超楼主体五层，局部六层，是典型的民国公共行政建筑，总统办公室就位于子超楼二层的东南角。
西区
煦园：典型的江南园林，与总统府连为一体，至今还保留有诸多著名的遗址景点，如石舫、夕佳楼、忘飞阁、漪澜阁、印心石屋等。这里明朝初年为汉王府花园，1912 年 1 月，中华民国临时政府成立，孙中山的临时大总统办公室和起居室就在煦园内。
石舫：又叫不系舟，建在一个青石平台之上，用 10 层巨型青石一一垒砌，尾部用一整块青石刻成的尾舵拖在中央，舵杆伸出水面，连固定尾舵的舵环都被清晰地刻划出来。
临时大总统办公室：因位于总督署西侧的西花园，又称 “西花厅”。整幢建筑坐北朝南，七开间，1912 年 1 月 21 日，中华民国临时政府第一次内阁会议在此举行，以后，先后作为南京留守府、江苏讨袁军总司令部等机构的办公处。
孙中山起居室：建于 1909 年，小青瓦木结构硬山顶，两层中式建筑。原为清朝两江总督署高级幕僚的住所，1912 年 1 月至 4 月，孙中山担任中华民国临时大总统期间即在此居住。
桐音馆：建造于青桐林中，带有古朴雅艺的建造风格，位于西三轴线1。
东区
复园：在清朝时为两江总督署花园，太平天国时期在这里建东花园，当年有石舫、湖泊、假山及楼台亭阁等建筑，1864 年清军攻破天京时被毁，2002 年根据史料复建了原东花园的一部分。
行政院办公厅：建于 1934 年 6 月，楼内设行政院院长、副院长、秘书长、政务处长办公室，以及会议室、总办公厅、稽核室等1。景点 南京总统府行政院办公厅
马厩：先是清两江总督署和太平天国时期的马厩，国民政府和总统府时期，曾作为库房和总务局交通队、军乐队、警卫队、清洁队等机构的营房，现在是当年马厩的复原。景点 南京总统府马厩