泉州清净寺有许多值得参观的景点，主要包括门楼、奉天坛、明善堂等，以下是这些景点的详细介绍：
- 门楼
- 建筑特色：大门朝南，入口凹进，高12.3米，基宽6.60米，门宽3.80米，用辉绿岩条石砌筑，分外、中、内三重。第一、二重皆为青石作圆形穹顶拱门，有着和中国古建筑的“藻井”相类似的石构图案，第一尖拱大门穹顶正中衔接外层，倒悬一朵雕刻精致的辉绿岩莲花，以此垂莲为中心，砌嵌成放射状，有如蜘蛛网状拱形宝盖。中层尖拱门内用花岗岩精工雕砌成半穹窿形，穹窿壁上砌饰着层层叠叠87个精工雕琢的小型尖拱，状似蜂巢。门楼内层为石砌正方形，上部为青砖块圈筑的圆形大穹顶，涂垩洁白，无任何装饰，象征无限宇宙空间。
- 文化意义：门楼正额横嵌阿拉伯文浮雕石刻，中层尖拱门内的结构以及门楼东西两墙砌饰的尖拱壁门、壁龛，连同构成门楼分成3层的4道尖拱大门，整座门棂共有大小尖拱99个，象征赞颂真主的99个尊美之名。门楼后墙上两行阿拉伯文石刻，记载着清净寺的创建年代重修时间以及最早的名称。门楼顶部的“望月台”是伊斯兰教“斋月”前，伊玛目率乡老观望初升新月，决定穆斯林封斋和开斋日期的地方，并且融合了中国建筑文化结构与文化含意，周围东、西、北三面墙体上端砌筑24个“回”字形垛子，台之四角，耸立四座造型独特，纤巧玲珑的阿拉伯式尖塔。
- 奉天坛
- 建筑特色：与门楼相联的礼拜大殿，阿拉伯名叫“麦斯吉德”，占地面积约六百平方米，门楣部分雕刻有阿拉伯文《古兰经》。奉天坛坐西朝东，西墙为朝向伊斯兰圣地麦加的正向墙，西墙上有六个小壁龛和四座长方形门，中部砌饰一座雕刻阿拉伯文《古兰经》的巨大尖弓宝盖状壁龛，即穆斯林礼拜安拉的“拜坛”，右侧放置一装“敏拜尔”和一支长枣木杖。坛正面为一尖拱形大壁龛，左右各辟一门，东墙辟一尖拱形大门，高4.45米，宽2.25米，南墙开八个长方形大窗，北墙开一门，南墙外壁窗上及室内大小壁龛上，均有古阿拉伯文字的石刻《古兰经》经句。屋顶原为巨大的圆顶，于明万历年间地震中坍圮，留花岗岩石砌成的大殿四壁和巨大的尖顶窗户，1998年又将倒塌后四散数百年的12根石柱础及9根残柱收集重新竖立于原位。
- 文化意义：奉天坛是穆斯林礼拜的地方，其建筑风格和内部装饰体现了伊斯兰教的教义和文化，同时也见证了泉州作为海上丝绸之路重要港口的历史，反映了当时泉州与阿拉伯地区的文化交流和贸易往来。
- 明善堂
- 建筑特色：明隆庆元年（1567年）穆斯林在寺内西北角增建的小礼拜殿，是砖木结构的闽南古民居特色的小三间建筑形式。
- 文化意义：初为伊玛目居住生活区，并设有厅堂接待宾客和商讨教务与登殿礼拜前后休息场所。由于万历年间地震，古礼拜大殿塌毁后无法复建，穆斯林不能在此举行礼拜，明善堂即改为穆斯林礼拜安拉的场所。明善堂大门上额，悬挂厦门关监督唐柯三于民国十一年（1922年）题写横匾“认主独一”，大门内上端挂着一匾额，亦是唐柯三于民国十三年（1924年）六月敬立的，文曰“三畏四箴”。
- 祝圣亭
- 建筑特色：位于寺门及露庭的东侧、古礼拜殿正东的小平台，是一座石构碑亭。
- 文化意义：立有元至正十年（公元1350年）的《重立清净寺碑记》碑和明万历三十七年（1609年）的《重修清净寺碑记》碑，这两块石碑对于研究清净寺的历史和泉州的伊斯兰教发展具有重要的价值。
- 历史文化展厅
- 展览内容：通过丰富的图文资料和实物展示，呈现泉州宋元时期作为东方第一大港时，伊斯兰教众在此居住和文化交流的历史史实。
- 文化意义：让游客更加深入地了解清净寺的历史背景以及泉州在海上丝绸之路中的重要地位，感受不同文化在泉州的交融与碰撞。