毕棚沟景区内有水，主要以湖泊、瀑布、溪流等形式存在，以下是相关介绍：
- 湖泊
- 龙王海：海拔2000多米，是进入景区后首先抵达的湖泊，传说龙王隐居于此而得名。湖面如巨大的翡翠镜嵌在青山峡谷之中，湖水清澈，四季景色各异，春天温婉大气，夏天生机盎然，秋天碧水蓝天，冬天粉妆玉琢。景点毕棚沟龙王海
- 卓玛湖：海拔约3612米，积水面积8千平方米，平均水深5米，最深处可达10米，蓄水量为4万立方米。湖水源自上游及沿途高山冰雪消融、雨水、山泉汇集于此淤积泥沙成湖，湖水清澈明亮，周围彩林红叶环抱，五彩斑斓。
- 磐羊湖：毕棚沟较大且美的湖泊，曾因磐羊盛行而得名。湖面宽广辽阔，水面清澈，湖中巧石成群，四周雪山环绕，灌木丛生，倒影奇光异色，沿岸建有一条长长的环湖栈道。
- 瀑布
- 白龙瀑布：拥有着桀骜不驯的壮观，瀑布飞泻而下，水流击打声“哗啦啦”作响，气势非凡，宽度、高度和水量都很可观，每次经过都能感受到其震撼的力量。
- 飞龙瀑布：相对温柔，流水从石峰上缓缓留下来，形成一幅幅巧夺天工的艺术画卷，独具韵味，给人一种梦幻迷人的感觉。
- 溪流：毕棚沟内溪流潺潺，在原始森林生态长廊里，有一条条清澈见底的河流，它们在幽静的山林里发出叮铃的流水声，成为森林中独特的动态之景。在青青的草甸里，也总有一条宁静的河流从中缓缓流过，与群山、绿树、蓝天、白云、老树交相辉映。
- 温泉：毕棚沟温泉地处风光如画的娜姆湖，海拔2910米-2960米之间。温泉水温70度，日流量900-1200立方，温泉水清澈透明，属碳酸氢钠泉，富含偏硅酸、氟、硫化氢及多种微量元素，有较高的养生价值。