以下是一些济宁景区内或与景区相关的博物馆：
- 中国水浒博物馆：位于山东梁山风景区，是一个品读水浒文化、展示梁山风情、保护历史文物、体验忠义豪情、传播梁山精神的综合性博物馆。该馆为框架结构的三层仿宋建筑，建筑面积10686.4平方米，内设有两个展厅，400米的展廊、7个陈列室和10间恒温、恒湿藏品库房，主要收藏名人字画、雕塑、雕刻、铜器、陶瓷以及与《水浒传》相关的历史文物，展示梁山民俗风情、民间传说、民间用品、民间建筑等。景点山东梁山风景区中国水浒博物馆
- 济宁市李白纪念馆：位于济宁市太白楼中路27号，属于国家二级博物馆。该馆依托太白楼而建，李白曾定居济宁，这里展出了李白在此期间的作品和生平事迹，分为上下两层还有后院。
- 孔子博物馆：位于曲阜市孔子大道100号，与三孔遥相呼应，是纪念孔子、集中展示孔子思想学说、传播弘扬儒家文化的专题性博物馆，属于国家一级博物馆。馆内馆藏文物数量惊人，高达70万件，其中古籍文书占较大的比例，此外还包括家具、玉器、金石器、竹木牙雕、书画、铜器、丝织品、陶瓷器等。
- 邹城博物馆：位于济宁市邹城市顺河路56号，是一座集收藏保护、研究展示、宣传教育等功能于一体的综合性历史博物馆，现为国家一级博物馆。博物馆全方位展示了邹鲁历史文化，馆藏文物12万件套，镇馆之宝有元青花云龙纹罐，出土于鲁荒王戈妃墓。博物馆一楼现为常设展厅，主要展出从原始社会至明清各个历史时期的珍贵文物近千件，以及各类临时展览；二楼三楼为专题历史人物展-孟子馆，全面展示了孟子的时代背景、生平经历、主要思想和对后世的影响。
- 金乡县博物馆：位于金乡县羊山镇羊山景区，是国家二级博物馆，免费开放，开放时间为周二至周日9：00-17：00（16：00停止入馆），周一闭馆（法定节假日除外），节假日正常开放，闭馆日调整为节假日后的第一天。