日本有不少深山景区，分布在各个地区，以下是一些比较知名的：
十和田八幡平国家公园
- 位置：位于日本本州东北地区的最北端，涵盖岩手县、青森县等地。
- 特色景点
- 十和田湖：是一个双层破火山口湖，湖水平静，生态原始，湖边有天然原始林。景点十和田八幡平国家公园十和田湖
- 奥入濑溪流：是十和田湖流出的唯一河流，溪流湍急，景色优美。景点十和田八幡平国家公园奥入濑溪流
- 八幡平高原：山顶有广阔高原，以池塘、沼泽和湿地闻名，冬季树木结冰形成奇特的“雪怪”景观。景点十和田八幡平国家公园八幡平高原
熊野古道
- 位置：位于日本纪伊半岛，贯穿和歌山县、三重县等地。
- 特色景点
- 熊野三山：包括熊野速玉大社、熊野那智大社、熊野本宫大社和那智山青岸渡寺，是众多朝圣者的目的地。景点熊野古道熊野三山
- 那智瀑布：号称日本第一瀑布，落差133米，宽幅13米，周围还有48条瀑布，景色壮观。景点熊野古道那智瀑布
祖谷溪
- 位置：位于四国岛的德岛县，地处深山，是日本最偏远的地区之一。
- 特色景点
- 大步危和小步危峡谷：地势狭窄多石，河水湍急，是日本著名的漂流圣地，2017年世界漂流锦标赛在此举行。景点祖谷溪大步危和小步危峡谷
- 藤蔓桥：是祖谷溪的标志性景点之一，由藤蔓编织而成，走在桥上可以欣赏溪谷的美景。景点祖谷溪藤蔓桥
黑部峡谷
- 位置：位于日本中部的富山县和新潟县交界处。
- 特色景点
- 黑部川：峡谷内的河流，河水清澈，两岸山峰高耸，景色壮美。景点黑部峡谷黑部川
- 柳河原发电所：外观如同童话城堡，是黑部峡谷的代表性建筑之一。
奈良春日山原始林
- 位置：位于奈良县奈良市春日野町，就在春日大社的东侧。
- 特色景点
- 原始森林：千年以来禁止砍伐，遍布着以槲树、米储类树木等为主体的常绿广叶林，森林内空气清新，有鹿群穿梭。景点奈良春日山原始林
- 春日大社：为了守护平城京及祈祷国家繁荣而建造，是藤原氏一门的氏神，朱红色的回廊与春日山麓的绿色丛林相映成辉。景点奈良春日山原始林春日大社