马祖岛拥有丰富多样的景点，涵盖了自然景观、历史文化遗迹以及军事观光地等，以下是一些主要景点：
南竿岛
- 马祖巨神像：位于马祖南竿福澳港附近，高达28.8米，由365块花岗石建构而成，寓有“365日、日日平安”之意，是马祖的标志性景点之一，也是当地政府近年主打妈祖旅游牌的重要观光景点。景点马祖岛马祖巨神像
- 天后宫：马祖之名由妈祖而来，天后宫位于马祖村，是岛上的信仰中心，千年来香火鼎盛。相传妈祖遗体曾漂流至天后宫前，居民发现后拾起安葬，并建庙纪念。景点马祖岛马祖南竿岛天后宫
- 八八坑道：马祖最著名的酒窖，坑道主体由花岗岩构成，早期是居民躲海盗的山洞，后来成为军事战备的战车坑道，现在已转型为特色酒窖，这里温度与湿度适中，是天然冷气房，也是品酒和马祖观光的好去处。景点马祖岛八八坑道
- 北海坑道：深入山腹，贯穿岩壁，可供百余艘登陆小艇使用。如今游客可配合潮汐，于涨潮时乘船进入，欣赏雄伟壮阔的岩壁、幽暗浮动的倒影，在蓝眼泪热潮时，小船宛如行驶在银河上，是马祖特色体验之一。景点马祖岛北海坑道
- 津沙聚落：是南竿岛上距离大陆较近的村庄，自清末起，连江、长乐、琅岐岛等地居民陆续移入，是马祖最多原籍大陆连江县移民的村庄。这里完整呈现马祖的老建筑风貌，还可以品尝马祖老酒及相关料理。
北竿岛
- 塘后道沙滩：北竿乡最著名的景点，早年是连接北竿岛塘岐村、后澳村的重要联外道路，涨潮时海水会淹没沙滩，使后澳村成为孤岛。如今虽铺设了水泥道路，但涨潮被淹的特色已消失，且沙滩南岸是沙滩，北岸是泥滩，沙质有别。景点马祖岛塘后道沙滩
- 芹壁村：被认为是北竿最美丽的村落，有着“马祖地中海”的美称，保存着大量古早海盗时期的石屋，建物以石材堆砌而成，依山势呈阶梯状排列，层层相叠，错落有致。景点马祖岛芹壁村
- 战争和平纪念公园：前身为北竿大沃山，是以军事与和平为概念的战争纪念公园，占地广阔、规模壮观，公园里面放了很多台湾早期在使用的军事器材。景点马祖岛战争和平纪念公园
- 螺山自然步道：全长约800公尺，原是当地居民钓鱼的小径，后来开辟为石阶步道。沿途可以欣赏到受东北季风影响而形成的盆景地景，以及因海蚀作用而形成的“海上孔子像”，步道后段坡度较陡，攀爬后可眺望一望无际的海与蓝天。
东莒岛
- 大浦聚落：保存着马祖较为完整的石屋聚落，不仅石屋保存完好，早期渔民使用的渔网、居民的床铺、衣橱、厨具等都保留着古早的味道。
- 大浦石刻：是清朝福建巡府董应台为赞许驻守东莒光的沈有容不费一兵一卒智平60余名倭寇的事迹所刻，属于国家三级古迹。
- 福正聚落：也是石屋保存完整的地方，有百年历史的东犬灯塔是其重要景观。该灯塔是台湾第一批采用花岗石建造的洋式灯塔，由塔身、塔灯及塔座三部分组成，还保存着当年洋人办公的房舍、宿舍等。
东引岛
- 东涌灯塔：建于西元1904年，由英国人设计、监造，塔高三层，面向台湾海峡，建在东引岛东北世尾山的悬崖之上，造型及附属房舍承袭十八世纪英式建筑的简洁、优雅风格，素有“东引别墅”之美名。景点马祖岛东涌灯塔
- 烈女义坑：传说清朝末年，一渔人遭海盗杀害，渔人之妻不愿受辱，在此跳崖自杀，后人感念烈女殉节义举，命名为烈女义坑。山崖距海高达数十丈，气势奇伟，是拍照留念的好地方。景点马祖岛烈女义坑
- 一线天：位于烈女义坑不远的军事据点，在两垂直相临的山崖中，军事坑道靠一座水泥桥相连，桥面距海面数十丈，气势慑人。不过目前仍属重要军事基地，旅客需先前往东引游客服务中心申请参观证，经卫兵陪同方可前往参观、拍照。