永祚寺的景点丰富多样，涵盖了建筑、文物、植物等多个方面，以下是一些主要景点：
建筑景观
- 凌霄双塔
- 文峰塔：创建于明万历二十七年（1599年），是为补辅太原“文运”不足而建的风水塔。塔高54.76米，没有塔基座，造型直上直下，呈直线型，塔身轮廓没有明显收分，塔刹为石制“葫芦顶”，塔身自建造以来就向西北微微倾斜。景点永祚寺文峰塔
- 宣文塔：又名舍利塔，建于明万历三十六年（1608年），由晋穆王朱敏淳邀请护国禅师、五台山显通寺住持妙峰法师策划建造。塔高54.78米，有塔座，塔身有明显的收分，塔刹为铜铁制“宝瓶式顶”，塔的第一层斗拱与斗拱之间嵌刻有“阿弥陀佛”，塔内藏有佛舍利子。
- 大雄宝殿：位于中轴线最南端，台明略高于地平面。大殿长19.35米，进深11.3米，面阔五间，采用拱顶体系，不用寸木只钉，无梁无柱，是典型的砖仿木结构建筑。现供奉的阿弥陀佛立式铜像，全高3.85米，为妙峰所铸。
- 三圣阁：建在大雄宝殿屋顶之上，面阔三间，长16.75米，进深9.7米，单檐歇山顶，孔雀蓝琉璃瓦剪边。殿内的砖雕藻井堪称一绝，从结构上看，下段方形，中段八角形，上段圆形，可称作“斗八藻井”。
- 如意门：是寺院早期的山门，建于清康熙三十年（1691年），由阳曲知县刘汇兴建，门额上有清戴梦熊所题“祇园胜境”四个字。
文物古迹
- 宝贤堂集古法帖：宝贤堂内收藏的《宝贤堂集古法帖》是中国保留原始最为完整的大型藩府刻帖，为魏、晋、南北朝、隋、唐、五代、宋、元、明等十余个朝代128位书法大家的墨迹。
- 古钟：永祚寺过殿陈列展示着一口古钟，其铸造年代为明万历四年（1576年），通高117厘米，口径300厘米，钟的质地为铁，钟面上文字图案分成四部分。
自然景观
- 牡丹园：永祚寺内的牡丹占地面积30余亩，拥有6000余株牡丹，其中的“紫霞仙”于明代中叶徙植于太原，延续至今，是中国现存罕有的明代牡丹。此外，还引进和培植了姚黄、魏紫、赵粉、白雪塔等近百个品种的牡丹，九色齐全。