日本有许多著名的教堂景点，以下是一些比较知名的：
东京地区
- 圣玛利亚大教堂：位于东京文京区，由丹下健三设计，建于1961年。教堂以哥特式建筑风格为基础，主体以曲面墙体从地面的斜四边形平面绵延升起，顶端集聚为水平十字形天窗，俯视为拉丁式十字架形，仰望如展翅欲飞的银色之鸟，钟楼与教堂主体分离，高60米。景点日本东京圣玛利亚大教堂
- 原宿新教教堂：位于东京涩谷区，其建筑风格与原宿的时尚氛围相匹配，是一座充满艺术感的教堂。原建筑在1945年的空袭中被摧毁，现在的建筑由cielrougecreation建筑事务所设计。
- 复活大教堂：又称尼古拉堂，位于东京千代田区，是拜占庭式建筑的典型代表。由圣尼古拉于1891年创立，1962年被指定为国家重要文化财产，原建筑在1923年的关东大地震中严重受损，后经精心修复。景点日本东京复活大教堂
大阪地区
- 大阪圣玛利亚大教堂：位于大阪中央区玉造，也被称为玉造教堂。它曾在二战中被摧毁，后经两次重建形成现在的规模，内部有近100扇彩色玻璃窗，在大型壁画和石像上投射出五彩斑斓的色彩。景点日本大阪圣玛利亚大教堂
- 光之教堂：位于大阪府茨木市春日丘，是建筑大师安藤忠雄的成名代表作。教堂的一面墙上开了一个十字形的洞，阳光洒下时形成独特的光影效果，营造出神圣的氛围。景点日本大阪光之教堂
神奈川地区
- 横滨联合教堂：位于神奈川县横滨市中区，成立于1863年，是日本第一所英语新教教堂，最初主要面向外国居民，如今接纳来自不同国家和地区的信徒。
- 横滨海岸教堂：位于横滨市中区，是日本第一所面向日本公民的新教教堂，建于横滨联合教堂成立约十年后，周日举行礼拜仪式，偶尔举办特别的圣诞活动。
京都地区
- 宫津天主教堂：位于京都府宫津市，是日本最古老的教堂之一，建于19世纪后期，融合了日本和欧洲的建筑风格，内部有彩色玻璃窗和榻榻米地板，是当地著名的地标建筑。
Nagasaki地区
- 大浦天主堂：位于长崎市，建于1864年，是日本最古老的基督教教堂，也是联合国教科文组织认定的世界遗产。教堂为哥特式和罗马式风格，有精美的彩色玻璃窗和木雕，是为纪念日本二十六圣殉教者而建。景点日本长崎大浦天主堂
- 圣菲利普教堂：位于长崎市，与二十六烈士博物馆相邻，教堂内保存有26位殉教者中三位的遗骨，每天早上用日语举行弥撒，周日下午有英语弥撒。景点日本长崎圣菲利普教堂
其他地区
- 花园教堂ZONA：位于山梨县八岳高原，是星野梦缘特色教堂之一，由MarioBellini设计，外形犹如两片相叠的树叶，夜晚教堂上的幸运草图案会发出光芒，营造出梦幻的氛围。景点日本山梨县花园教堂ZONA
- 水之教堂：位于北海道，同样是安藤忠雄的作品，以“与自然共生”为概念，正面是一面长15米、高5米的巨大玻璃墙，玻璃墙打开时，能让人感受到水的气息和森林的风。景点日本北海道水之教堂