牟尼沟风景区主要由扎嘎瀑布和二道海两部分组成，以下是一些好玩的景点：
扎嘎瀑布景区
- 扎嘎瀑布：号称“中华第一钙华瀑布”，瀑布起点海拔3270米，落点海拔3176米，瀑高93.7米，瀑面宽35-40米，夏季流量2-5立方米/秒，为台阶式瀑布，也是全国目前发现的落差最大的钙华瀑布。湖水从巨大的钙化梯坎上以每秒23米的速度跌落，经三级钙华台阶跌宕而下，冲击于巨大的钙华石壁，形成巨幅瀑身，声闻十里，气势磅礴。景点牟尼沟扎嘎瀑布
- 红柳湖：从谷底沿栈道往上走的第一个景点，是水面开阔的浅水湖，水中长满成片的红柳。
- 林中叠瀑：距离谷底1450米处，可见一片风格独特的小瀑布群，瀑布穿梭于原始森林中，形态各异，十分壮观。
- 溅玉台：位于扎嘎瀑布的底部，是一座圆形的平石台，当瀑布从高山绝顶往下倾泻，跌落在此平台，浪花溅起如同白玉，在阳光的照射下，流金溢彩。
二道海景区
- 二道海：是景区内最大的湖泊，占地6800余平方米，位于景区的中心位置。由于湖泊周围分布着许多地下溶洞，湖水通过溶洞与其他湖泊相互沟通，水面看似波平如镜，但水底却暗流涌动，十分神秘。
- 天鹅湖：因时常有野鸭、天鹅在此出没而得名，面积约1.33万平方米，水色深蓝。湖边还经常有大熊猫、牛羚、山驴、麋鹿、岩羊等野生动物来饮水，湖水呈宝蓝色，像一块透明的水晶。
- 百花湖：湖水透明，湖深数十米仍清澈见底，湖底生长着大量奇异的水草，这些水草有的还冒出水面，绽出无数雪白、金黄、靛蓝的细碎花朵，在湖面团成一个个花环。
- 犀牛海：传说湖中出现犀牛而得名，是由36个环环相套的湖中湖组成的巨大湖群，长85米，宽80米。湖底呈撮箕形，水深18.5米，水色湛蓝，下游湖堤发育一系列钙华溶陷洞穴。
- 珍珠湖：又名“煮珠海”，位于二道海景区的最深处，因湖底泉眼喷水如明珠串串，湖面水沸珠翻而得名。传说这是黄龙真人住二道海尚未迁居黄龙时，为九天仙女营造的祛病沐浴池，水温较高，即便在大雪冰封的严冬时节，水温也在20℃左右。
- 头道海：是入沟的第一个大海子，四周遍布杉树、圆柏，树的残骸经长年钙华作用，形成无数奇异的景象。