大运河沿线有许多独具特色的古镇景点，以下是一些比较知名的：
- 河下古镇：位于江苏省淮安市淮安区，紧邻京杭大运河和萧湖，形成于春秋时期，已有2500多年的历史。曾是京杭大运河上的酒盐要津，是淮医和淮扬菜的主要发源地，完整保留着明清街巷格局和风貌，有周恩来纪念馆、吴承恩故居、沈坤状元府等景点。
- 杨柳青古镇：地处天津市西青区，依傍京杭大运河，是中国北方历史名镇，也是中国四大名镇之一。明清时为中国北方民间艺术集散地，孕育出杨柳青年画、杨柳青风筝和剪纸等民间艺术。镇内有文昌阁、普亮宝塔、报恩寺遗址等，还有天津“八大家”之一的石家大院。
- 乌镇：位于浙江省嘉兴市桐乡市，是江南四大古镇之一，拥有7000多年文明史和1300年建镇史，素有“中国最后的枕水人家”之誉。古镇以内河水系为界，分为东栅、南栅、西栅、北栅，能让人感受到中国古老文化的魅力和东方生活的传统精髓。
- 南浔古镇：在浙江省湖州市南浔区，是人文资源充足、中西建筑合璧的江南古镇，有“文化之邦”和“诗书之乡”之称。景区分三大区块，有张石铭故居、刘氏梯号、小莲庄、嘉业堂藏书楼、东大街、张静江故居和百间楼等景点。
- 窑湾古镇：位于江苏省徐州新沂市西南部，京杭大运河与骆马湖交汇处。历史上溯于春秋，自唐武德元年建置，已有1400多年历史，有“苏北小上海”之称，保留了众多明清时期的会馆、商铺、当铺等建筑，主要景点有吴家大院、赵信隆酱园店、中国典当博物馆等。
- 濮院古镇：位于浙江省桐乡市濮院镇，是京杭大运河出嘉兴市区后流经的第一个古镇，于2023年3月1日正式对外营业。建镇于南宋，宋元濮氏定居时已具雏形，明清时加以扩展，是明清时期江南五大名镇之一，以“日出万匹绸”被誉为“嘉禾一巨镇”，是“天下第一绸”故里。
- 隋唐运河古镇：位于安徽省淮北市相山区，由五凤三阁景区、水景戏台、漕仓堰闸景区等部分组成，呈现出独特的隋唐运河古镇文化，有月老神庙、元辰殿等特色景点，是国家3A级旅游景区。
- 台儿庄古城：位于山东省枣庄市台儿庄区，融八种建筑风格为一体，汇七十二座庙宇于一城，是古运河畔一座南北交融、中西合璧的历史文化名城，是世界文化遗产重建的城市，被世人誉为“中华民族扬威不屈之地”。