当柠檬籽发芽后，可按以下步骤进行种植：
准备种植容器 ：选择大小适宜、带有排水孔的花盆，比如直径 15 - 20 厘米的花盆就很合适。若使用塑料花盆，需保证其材质坚固，能承受土壤和植株的重量。先在花盆底部铺上一层碎瓦片或陶粒，厚度约 2 - 3 厘米，以增强排水性能，避免积水导致烂根。
挑选合适土壤 ：柠檬适宜在疏松、肥沃、排水良好且 pH 值在 5.5 - 6.5 之间的微酸性土壤中生长。可以用腐叶土、园土、河沙按照 3:2:1 的比例混合配制，还可添加少量有机肥，比如每 5 千克土壤中混入 1 千克充分腐熟的鸡粪肥，为柠檬幼苗生长提供充足养分。
移栽幼苗 ：小心地将发芽的柠檬籽从原来的培养环境中取出，尽量保持根系完整。在准备好的花盆土壤中挖一个小坑，深度以刚好能覆盖柠檬籽根系为宜，一般 3 - 5 厘米。将幼苗放入坑中，扶正后填土轻轻压实，让土壤与根系充分接触。
合理浇水 ：移栽后要浇一次定根水，浇水量以湿透土壤但不积水为准。比如，直径 15 厘米的花盆，第一次浇水约 500 毫升。之后保持土壤湿润，春季和秋季 2 - 3 天浇一次水，夏季每天早晚各浇一次水，冬季 5 - 7 天浇一次水。浇水时要浇在根部，避免浇到叶片上。
提供光照 ：柠檬幼苗需要充足的光照，但不能暴晒。可将花盆放在朝南的阳台或窗台边，每天保证 4 - 6 小时的光照。夏季光照过强时，要进行遮荫处理，可以使用遮阳网，避免幼苗被灼伤。
适时施肥 ：柠檬幼苗生长初期，每隔 1 - 2 个月施一次稀薄的液肥，如按照 1:1000 的比例稀释的尿素溶液，每盆每次浇 200 - 300 毫升。当幼苗长出 4 - 5 片真叶后，可增加施肥频率，每月施一次稀薄的复合肥，每盆每次用量 5 - 10 克。施肥时要注意薄肥勤施，避免浓肥烧根。