公益景区的管辖单位因景区类型不同而有所差异：
- 自然保护区类公益景区：由林业和草原部门负责监管。例如，北京延庆区自然保护地管理处，是北京市延庆区人民政府所属公益一类事业单位，归口北京市延庆区园林绿化局管理，负责对管辖范围内的生态资源进行本底调查、日常巡护、评估管理等工作。
- 风景名胜区类公益景区：一般由住房和城乡建设部门监管。在地方上，如苏州市园林和绿化管理局下属的苏州市虎丘山风景名胜区管理处等，负责对相应的风景名胜区进行统一管理，包括保护、利用、规划建设以及旅游活动组织等工作。不过，2018年机构改革后，原住房和城乡建设部风景名胜区管理职责划入国家林业和草原局（在自然资源部），意味着这类景区的管理职责有所调整，统一由自然资源部门负责管理。
- 文物保护单位类公益景区：归文物部门管辖。例如，嘉峪关大景区管理委员会，为政府直属公益一类自收自支事业单位，负责嘉峪关大景区的规划、保护、开发等工作，其在文物保护方面，要依据相关文物部门的授权开展工作。
- 水利风景区类公益景区：由水利部门负责监管。水利风景区管理机构一般为水利工程管理单位或水资源管理单位，在水行政主管部门和流域管理机构统一领导下，负责水利风景区的建设、管理和保护工作。
- 宗教场所类公益景区：由民族宗教事务部门监管。宗教场所作为特殊的公益景区，需在民宗部门的管理下，依据相关宗教政策和法规进行管理，开展宗教活动以及向公众开放等事宜。
此外，一些综合性的公益景区可能会成立专门的管理委员会进行管理，如嘉峪关大景区管理委员会、张家界武陵源风景名胜区和国家森林公园管理局等，这些管理委员会通常为政府直属的事业单位，负责景区的统一规划、保护、开发和运营等工作，并与相关部门协调合作，共同推动景区的发展。