长屿硐天景区内景点丰富，以下是一些主要景点：
双门硐景区
- 石园：面积达22000平方米，山脉重峦叠嶂，景色满目葱茏，集青山秀水、自然风光和宗教文化、石文化景观于一体。
- 盘龙潭：在双门硐景区内，潭水清澈，周围景色优美。
- 未然亭：为景区增添了人文气息，供游客休息和观景。
- 石窗迷宫：由各种石窗组成的迷宫，充满趣味和挑战。
观夕硐景区
- 九曲含珠桥：全硐由其与其他景点串连成线，桥身曲折，桥下有潭水。
- 岩硐音乐厅：独特的天然音乐厅，可在此欣赏到美妙的音乐。
- 弥勒大佛：巨大的弥勒佛像，笑容可掬，给人以祥和之感。
- 坐井观天：从硐底向上看，天空如同井口般大小，别有一番意境。
水云硐景区
- 中国石文化博物馆：为中国最大的硐穴博物馆，硐体岩性为火山碎屑岩，色呈多彩，天然壁画形态万千，展示了丰富的石文化。
- 透天硐：共有6个透天硐，阳光可从顶部照射进来，形成独特的光影效果。
- 水硐：8个水硐，碧水沧波，与周围的岩石景观相得益彰。
双门石窟景区
- 观音像：圣像身高20.08米，莲花座高2.8米，总高22.88米，是浙东南第一大佛像，观音圣像前的石佛桌四边雕刻着二十四孝图、九龙图。景点长屿硐天双门石窟观音像
- 仙岫宫：共四殿，分别供奉着西南将军、南海观音、玉皇大帝、三清等，是道教文化的重要体现。
- 古炮台：为纪念抗倭名将戚继光所建，再现了当年抗寇的历史。
- 紫云出岫：名称源于道教，暗指双门硐为道教硐天，有着深厚的文化底蕴。
- 仙源问道：景区内有老子的全身石像，硐壁上雕刻着《道德经》及“观道澄怀图”，传播道家思想精髓。
八仙岩景区
- 八仙岩寺：景区的中心，历史悠久，香火旺盛。景点长屿硐天八仙岩寺
- 石梁纂：又称岱石庙，供奉着董仲舒，庙内有洗心泉，还有奇妙的听音岩。
- 石梁亭：琉璃红瓦，飞檐秀逸，亭中联语众多，凭栏可眺望山海烟波、川原村舍。
- 万佛寺：原称八仙岩寺，始建于清乾隆年间，内有大雄宝殿、金刚殿、卧佛硐、罗汉硐等。景点长屿硐天万佛寺
- 梅庄：高一丈许，周围是梅林，花开时节一片红锦灿烂。景点长屿硐天梅庄
其他景点
- 净明硐：位于石船坑中部南侧凤凰山腰丛林中，是一处尼姑庵，山门由125块巨石垒筑。
- 凌霄硐：由38个硐体与相关景点组成，硐馆全部隐蔽在山体内，不见日光，硐体高者达30余米，宏大宽敞。景点长屿硐天凌霄硐
- 文圣硐：位于凌霄硐西南，以摩崖石刻、石雕等艺术形式，全景式反映了孔子风范和儒家学说的内涵。景点长屿硐天文圣硐
- 熊猫馆：位于石船坑中游，占地面积4300平方米，四川卧龙大熊猫欢欢曾安家于此。景点长屿硐天熊猫馆