清源山的重要景点涵盖了宗教文化景观、自然景观等多个方面，以下是一些主要景点：
宗教文化类
- 老君岩：坐落于古泉州城中轴线上，是全国重点文物保护单位。整个石像由一整块天然花岗岩石雕刻而成，高5.63米，宽8.01米，厚6.85米，是中国现存最早最大的道教石雕老子造像，被誉为“老子天下第一”。景点清源山老君岩
- 千手岩：位于“幽谷梵音”意境区内，又名观音岩，大殿供有宋代石雕释迦牟尼和千手千眼观音佛像，寺中晨钟暮鼓，香火不绝，是游客祈福求愿的热门地点。景点清源山千手岩
- 南台岩：因在清源洞之南而得名，是清源山上“儒释道”三教合一的标志性景点。不足一公里的位置，三清宝殿，南台寺，魁星阁一字排开，体现了泉州多元宗教的包容性。景点清源山南台岩
- 弘一法师舍利塔：弘一法师与泉州因缘甚深，曾在此留下众多书法、诗赋、经律等遗墨珍品。此塔是对弘一法师的纪念，也是泉州历史文化的重要载体。景点清源山弘一法师舍利塔
自然景观类
- 天湖：位于清源山山顶，湖水清澈，四周群山环抱，不仅是清源山的一大亮点，也是游客了解泉州山水文化的重要窗口。景点清源山天湖
- 虎乳泉：是清源山的著名泉眼，有着神奇的传说故事，据说泉水有着神奇的力量，能治愈各种疾病，其清澈的泉水也吸引了众多游客。景点清源山虎乳泉
- 百丈坪：是明朝时姜志礼的墨宝，俞大猷也曾在此练功习武，这里视野开阔，周围景色优美，是游客了解泉州武术文化的重要场所，也是欣赏自然风光的好地方。景点清源山百丈坪
历史遗迹类
- 九日山摩崖石刻：是国务院公布的第三批全国重点文物保护单位，古代泉州海上丝绸之路东端的起点，完整保留着宋、元、明、清摩崖石刻共77方，其中10方海交祈风石刻是中国绝无仅有的瑰宝，记载了宋代泉州海上丝绸之路商船遣舶与回舶祈风仪式的千年历史。景点清源山九日山摩崖石刻
- 伊斯兰教圣墓：中国现存最古老、最完好的伊斯兰教圣迹，1988年1月公布为全国重点文物保护单位。现存两墓并列，墓盖用花岗岩雕刻，墓后倚山建马蹄形回廊，具有典型的唐代建筑特色。景点清源山伊斯兰教圣墓